PROFILING AKUMULASI TRANSKRIP GEN PADA AKAR BIBIT KELAPA SAWIT (Elaeis guineensis JACQ.) RENTAN DAN TOLERAN TERHADAP Ganoderma boninense

Riza Arief Putranto, Rokhana Faizah, Dini Astika Sari, Vivi Restu Raharti, Irfan Martiansyah, Sapto Nugroho Hadi, Sri Wening, pri yono, Asmini Budiani

Abstract

Dalam penelitian ini, analisis akumulasi transkrip menggunakan Reverse-Transcriptase Quantitative PCR (RT-qPCR) diikuti dengan analisis interaksi statistik telah dilakukan pada akar dari dua genotipe tanaman kelapa sawit (A09 dan 23) yang rentan dan toleran terhadap Ganoderma boninense. Tiga gen putatif (Eg#001, Eg#004, dan Eg#007) dari kelapa sawit diprediksi dapat digunakan sebagai biomarker dalam seleksi varietas tanaman kelapa sawit terhadap Ganoderma. Optimasi analisis RT-qPCR dilakukan dengan melakukan serial dilusi cDNA (1/5, 1/10, 1/25 dan 1/50) untuk mendapatkan nilai amplification plot dan melting curve yang ideal. Hasil analisis memperlihatkan serial dilusi 1/10 atau setara konsentrasi cDNA 50 ng/µL mendapatkan nilai Ct pada ambang 22-24 serta nilai melting curve sebesar 83,06. Secara umum, akumulasi transkrip gen pada genotipe 23 lebih melimpah dibandingkan dengan genotipe A09. Gen Eg#007 secara statistik memiliki akumulasi transkrip yang berbeda nyata pada genotipe 23 yang lebih tinggi (5,21E+00) dibandingkan pada genotipe A09 (1,93E+00). Di sisi lain, hasil identifikasi lokus ID pada genom kelapa sawit memperlihatkan bahwa gen Eg#007 merupakan penyandi protein yang tergolong dalam famili sulfotransferase (SOT) yang terkait dengan sistem pertahanan tanaman. Gen tersebut berpotensi mengungkap mekanisme aksi-reaksi antara G. boninense dan akar kelapa sawit.

 

Kata kunci: kelapa sawit, Ganoderma, profil akumulasi transkrip, RT-qPCR, biomarker.

Full Text:

PDF

Refbacks

  • There are currently no refbacks.