KERAGAMAN GENETIK KEDELAI BERDASARKAN POLA PITA DNA HASIL RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)

Abstract

Informasi keragaman genetik plasma nutfah kedelai sangat diperlukan dalam program pemuliaan
tanaman. Cara termudah untuk mempelajari keragaman genetik adalah dengan mengamati karakter morfologi.
Akan tetapi, beberapa karakter morfologi dipengaruhi oleh faktor lingkungan. Sebaliknya, mempelajari
keragaman genetik dengan pengamatan molekul, yaitu berdasar penanda DNA, dapat memberikan hasil yang
lebih baik, konsisten, dan tidak dipengaruhi oleh faktor lingkungan maupun tahap perkembangan tanaman.
RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) merupakan salah satu penanda DNA yang dapat digunakan untuk
menganalisis keragaman genetik dan hubungan kekerabatan antargenotip. Penelitian ini bertujuan untuk
mengetahui keragaman genetik dan kekerabatan 50 genotip kedelai berdasarkan pola pita DNA hasil RAPD.
DNA diekstrak dari daun muda dengan metode CTAB. Penentuan kuantitas dan kualitas DNA hasil
pengekstrakan dilakukan dengan elektroforesis pada gel agarose. Hasil menunjukkan bahwa RAPD dengan
primer OPA 244 konsentrasi primer 60 pmol dan 2 μl DNA template hasil pengenceran 10 kali dapat
membedakan 50 genotip kedelai. Berdasarkan ketidakmiripan 15% dari persamaan Sneath and Sokal simple
matching coeffisient (1973), kekerabatan 50 genotip kedelai terbagi menjadi sembilan kelompok.
Kata kunci: kedelai, RAPD, keragaman genetik

 

ABSTRACT
Information of genetic diversity on soybean germplasms is essential in breeding program. The easiest
way for studying genetic diversity is by examining morphological characters. However, some morphological
characters are influenced by environmental factors. In contrast, studying genetic diversity by molecular
evaluation, i.e. based on DNA markers, gives better result, is more consistent, and is not influenced by
environmental factors or growth phases. RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) is one of DNA markers,
that can be used for analysing genetic diversity and genetic relationship. This research aimed for studying
genetic diversity and genetic relationship among 50 soybean genotypes based on the DNA pattern of RAPD.
DNA was extracted from young leaves with CTAB method. The quantity and quality of extracted DNA was
determined by agarose gel electrophoresis. Result showed that RAPD with 60 pmol of primer OPA 244 and 2 μl
of diluted DNA could be used for differentiating 50 soybean genotypes tested. Based on 15% dissimilarity from
Sneath and Sokal simple matching coefficient (1973) 50 soybean genotypes tested could be classified into nine
groups.
Key words : soybean, RAPD, genetic diversity